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Tras disputar 2 partidos en octubre de 2006 frente a Perú por la denominada Copa del Pacífico (ganados por 3-2 en la ida y 0-1 en la vuelta) y el amistoso en noviembre del mismo año frente a Paraguay ganado por 3-2, Pinilla estuvo casi 4 años sin ser convocado a la selección debido a sus continuos actos de indisciplina, lesiones y a su decepcionante carrera a nivel de clubes, esto sumado a que en junio de 2007, mientras se encontraba cedido en Universidad de Chile, fue encontrado en su departamento con la modelo María José López, camiseta de la selección española la esposa del capitán de la selección nacional Luis Jiménez.